由于从自来水厂出来的饮用水要输送到千家万户，须经过漫长的输水管网及高楼水塔、水箱等设施，途中很可能会遭遇二次污染。
比如，水龙头停水，管内有沉淀物积聚的可能，消毒不够彻底的情况下，细菌再繁衍；输送管道疏于维护，生锈老化，导致流经的水变得浑浊发黄；很多城市采用的还是比较陈旧的二次供水设备，水箱老化比较严重，也没有及时清理，导致产生二次污染；有时候水箱密封不严，可能有杂质进入，再加上物业监管不力，安全隐患就悄然而生。如果管网附近有垃圾或者污水通过管道渗入，那后果不堪设想。
种种二次污染源使水中增加的污染物甚多，诸如铁锈、污垢、细菌等，他们相互作用生成许多有毒及致癌物质，因此直接使用很不安全。

1.二次供水水箱水泵及附属设施没依照卫生标准管理维护，如水箱依照规程规定应该5年一次大清洗，如果水质不好一年一次清洗没有做，造成水箱内部细菌及微生物大量繁殖。
2.二次供水水在管道时间延长，余氯随时间延长而大量消耗，不能起到抑制水中细菌及微生物的再繁殖等。
3.二次供水一般不是自来水公司管理，物业管理不是很规范，最起码不是属于专业管理，所以易造成二次污染。